„W związku z tym wiele podróżował i wielu rolników przyjmował u siebie, aż w końcu zaczął organizować dla nich wykłady (1802). Sława jego, jako reformatora rolnictwa, tak szybko rosła, że już w 1804 r. został doradcą króla pruskiego i członkiem Akademii Nauk w Berlinie. Wreszcie wydzierżawił posiadłość Moglin nad Odrą, kilkadziesiąt kilometrów na wschód od Berlina (Koło Wriezen), i tam założył uczelnię rolniczą, której był profesorem i dyrektorem do końca swego życia. Z praktyki lekarskiej zrezygnował, pochłonięty problemami rolnictwa.
Był tak wszechstronnie aktywny, że zajął się nawet zootechniką i przyczynił się znacznie do podniesienia poziomu hodowli owiec w Niemczech oraz do poprawienia jakości wełny. W roku 1812 wydał swoje największe dzieło czterotomowe pt. Grundsatze der rationellen Landwirtschaft (Podstawy racjonalnego rolnictwa), które przyniosło mu wielką
sławę i popularność oraz najwyższe odznaczenia państwowe. Został też członkiem wielu towarzystw naukowych krajowych i zagranicznych. W roku 1819 ustąpił z Uniwersytetu Berlińskiego i resztę swego życia poświęcił pracy w Móglin.
Myślą przewodnią jego działalności naukowej była teoria, że pożywieniem rośliny są związki próchnicowe w glebie. W pierwszym tomie swego dzieła Thaer pisał (§ 248) „Der Diingcr und der nach seiner Zersetzung zuriickbleibende Moder ist der Hauptbestandtheil der Nahrung aller von uns kultivirten Pfianzen... Durch die Masse und Kraft des Diingers wird also die Quantitat und Qualitat der zu erzeugenden Produkten bedingt" (Nawóz i powstająca z jego rozkładu próchnica jest głównym składnikiem pożywienia wszystkich przez nas uprawianych roślin... Masa i siła nawozu warunkuje też ilość i jakość uzyskiwanych produktów).“(10)